Il succède à Pierre Dartout, qui dirigeait la Datar depuis 2008, et qui a été nommé préfet du Val-de-Marne lors du même Conseil des ministres.
Hormis un détachement de 3 ans, entre 1989 et 1992 à l’Inspection générale des Finances, puis un nouveau détachement, de 1992 à 1995, à Elf-Aquitaine, à la direction financière de l’exploration production, Emmanuel Berthier a effectué l’essentiel de sa carrière dans la préfectorale.
En 1985, après être sorti de l’ENA (promotion « Léonard de Vinci », 1983), il devient Administrateur civil de 2e classe au ministère de l’intérieur et de la décentralisation.
De 1995 à 1998, il sera secrétaire général pour les affaires régionales auprès du préfet de la région Pays-de-la-Loire. Il était préfet de la Sarthe depuis deux ans.
Il aura notamment à gérer une toute nouvelle tutelle, puisque l’aménagement du territoire est passé sous l’autorité du ministère de l’Agriculture à l’occasion du dernier remaniement ministériel. Un tel rattachement est une première depuis la création de la DATAR en 1963.
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