En revanche, le bilan est moins reluisant en ce qui concerne le taux de paiement, c’est-à-dire les subventions effectivement perçues, puisqu’il s’élève actuellement à 40 % pour le Feder et à 38 % pour le FSE, contre 53 % en 2006 pour les deux. Il peut s’agir de projets retardés, bloqués ou tout simplement de grains de sable dans les rouages administratifs, tel qu’un manque de connexion entre une direction technique gérant le projet et les finances chargées de la facturation et de l’appel des subventions.
Une négligence qui peut coûter cher et se traduire, en fin d’année, par un dégagement d’office des sommes non certifiées.
La situation est très contrastée selon les territoires. Ainsi, cinq régions métropolitaines et un DOM (Auvergne, Franche-Comté, Lorraine, Poitou-Charentes, Rhône-Alpes ...
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