Dans le domaine de la politique structurelle, «les systèmes de contrôle dans les Etats membres sont généralement inefficaces ou moyennement efficaces», d’après le rapport annuel relatif à l’exercice 2006 de la Cour des comptes européenne.
Selon ses estimations, pour l’exercice 2006, au moins 12% du montant total remboursé par la Commission, relatif à des projets relevant des politiques structurelles, n’auraient pas dû l’être. «De plus, un pourcentage important de ces projets était affecté par des erreurs affectant la conformité qui, selon la cour, ne rendaient pas les dépenses éligibles au remboursement.»
Le rapport contient quelques recommandations pour mieux prévenir les erreurs. Quelques systèmes de contrôle ont été évalués par la cour. Ainsi, pour le FSE Objectif 3, celui de Midi-Pyrénées est considéré comme inefficace, et celui du Nord-Pas-de-Calais comme moyennement efficace.
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