L’arrêt Maduro du 6 octobre 2005 en fût le dernier exemple tranchant, puisqu’il fût également l’occasion pour la Cour de justice des Communautés européennes de contraindre l’Etat français à revoir en profondeur son régime de déduction de la TVA.
S’en est suivi une refonte, sur ce thème, du code général des Impôts applicable depuis le 1er janvier 2008, avec l’avènement d’une nouvelle notion en matière de déduction de la TVA : l’application d’un coefficient de déduction, lui-même composé du coefficient d’assujettissement, du coefficient de taxation, et du coefficient d’admission.
Une instruction fiscale n° 12-002-M0 du 19 janvier 2012 porte aujourd’hui à la connaissance des comptables des collectivités locales, des établissements publics locaux (dont les régies personnalisées, OPH et EPSMS) et des établissements publics de santé, l’instruction fiscale publiée au bulletin officiel des impôts n° 66 du 9 mai 2007 dans la série 3 D-1-07.
Elle présente les modalités de la refonte des règles de déduction de la TVA modifiées elles-mêmes par le décret n° 2007-566 du 16 avril 2007. L’instruction en cause rappelle notamment que si la démarche en la matière se fondait jusqu’ici sur deux critères, la qualité de l’assujetti et la nature du bien, désormais, le raisonnement est centré sur la notion d’« opération économique ».
Dans ce cadre, l’instruction susvisée (qui incidemment actualise les termes de l’instruction n° 07-045-M0 du 19 novembre 2007 qui est désormais abrogée) présente donc, d’une part, les mécanismes de détermination de la TVA déductible (au travers du coefficient de déduction) lors de la réalisation d’une dépense par les collectivités et établissements publics locaux concernés et, d’autre part, les modalités de mise en œuvre des régularisations nécessaires dans certains cas.
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