Michel Papaud a passé la plupart de sa carrière au ministère de l’Intérieur, où il a occupé différents postes. D’abord chargé de mission entre 1988 et 1990 au cabinet de Pierre Joxe, le ministre d’alors, il fut chef adjoint du cabinet du préfet de la région d’Ile-de-France pendant deux ans, après avoir été nommé sous-préfet en 1990 puis titularisé l’année suivante.
Directeur de cabinet du préfet de l’Eure entre 1992 et 1994, il devient sous-préfet de la Nièvre pour trois ans. Puis il s’éloigne des préfectures pour faire un stage d’un an au Conseil d’Etat, avant d’exercer en tant que conseiller au tribunal administratif de Grenoble.
Il rejoint ensuite pendant douze ans la DGCL, place Beauvau, sous les ordres de Didier Lallement puis de Dominique Bur. Il sera parallèlement secrétaire général de la préfecture du Finistère entre 2005 et 2008, puis de celle de Loire-Atlantique, jusqu’en janvier 2012. C’est à cette date qu’il devient préfet des Alpes de Haute-Provence, où il sera titularisé en février 2013.
Il prendra le poste de directeur général de la sécurité civile et de la gestion des crises à compter du 2 avril.
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