Aux termes de l‘article 57 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale, le fonctionnaire en activité, atteint d’une pathologie d’origine non professionnelle, a droit à trois types de congé. Le congé de maladie dit ordinaire est accordé pour une durée maximale de douze mois consécutifs dont les trois premiers sont rémunérés à plein traitement et les neuf autres sont rémunérés à demi-traitement. Le fonctionnaire a également droit à un congé de longue maladie lorsqu’il est constaté que la maladie met l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, rend nécessaire un traitement et des soins prolongés et qu’elle présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. L’arrêté ministériel du 14 mars 1986, rendu applicable à la fonction publique territoriale par un arrêté du 30 juillet 1987, fixe la liste des pathologies y ouvrant droit. Le congé de longue maladie est accordé pour une durée maximale de trois ans à compter de la date du premier arrêt maladie et rémunéré à plein traitement pendant un an puis à demi traitement les deux années suivantes.
Enfin, en application de l’article 57-4° de la loi précitée, un congé de longue durée est octroyé lorsque le fonctionnaire est atteint de l’une des cinq maladies limitativement énumérées par la loi : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis. Il est accordé pour une durée maximale de cinq ans à compter de la date du premier arrêt maladie dont trois ans à plein traitement et deux ans à demi traitement. Sauf dans le cas où le fonctionnaire ne peut être placé en congé de longue maladie à plein traitement, le congé de longue durée ne peut être attribué qu’à l’issue de la période rémunérée à plein traitement d’un congé de longue maladie. Cette période est réputée être une période du congé de longue durée accordé pour la même affection. Tout congé attribué par la suite pour cette affection est un congé de longue durée. Néanmoins, le choix est laissé au fonctionnaire d’être maintenu en congé de longue maladie, et de percevoir alors un demi-traitement, au titre d’une affection qui permettrait l’octroi d’un congé de longue durée et serait rémunérée pendant une période plus longue à plein traitement. Ce choix dépend des perspectives de rémission de la maladie.
En effet, le congé de longue durée est mal adapté aux maladies comportant des périodes de rémission car il ne peut être renouvelé. C’est pourquoi il n’est délivré qu’une fois épuisés les droits à plein traitement du congé de longue maladie. A la différence du congé de longue durée, le droit à congé de longue maladie se renouvelle dès lors que le fonctionnaire a repris ses fonctions pendant au moins un an. La distinction entre le congé de longue maladie et le congé de longue durée est donc bien justifiée par le souci d’apporter une solution adaptée à la pathologie de l’agent. Il n’est pas envisagé, à ce jour, de modifier les conditions d’ouverture du congé de longue durée. Le cycle de concertation relatif à la santé et la sécurité au travail, engagé avec les organisations syndicales de la fonction publique, permettra d’aborder, parmi d’autres questions, le thème de la prise en compte des maladies chroniques et évolutives afin d’améliorer les conditions de maintien et de retour à l’emploi des agents publics atteints de telles pathologies.
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